El conjunto del paisaje que rodea la mina de la Jayona corresponde al ecosistema de Monte Mediterráneo donde la encina (Quercus rotundifolia) es la especie arbórea más característica de estas serranías, acompañada de piruétanos (Pyrus bourgaeana), quejigos (Quercus faginea), acebuches (Olea europaea silvestris), y en las riberas con fresnos (Fraxinus angustifolia), sauces (Salix sp.) junto con adelfas (Nerium oleander).
El denso Matorral lo constituyen especies que crecen adaptándose a las condiciones que imponen las dos vertientes de las laderas, la de umbría, con el madroño (Arbutus unedo), durillo (Viburnum tinus), la cornicabra (Pisticia terebinthus), el rusco (Ruscus aculeatus), la madreselva (Lonicera sp.) o el lentisco (Pistacia lentiscus), y las más duras de solana en donde pueden crecer varias especies de jaras, esparragueras, retamas, ahulaga, romero, tomillo, junto a la extraña arañuela (Nigella darnascena) y a la olivilla (Teucrium fruticans).
Las especiales características ambientales (luz, humedad y temperatura) que se dan en el interior de la mina son las que favorecen un microclima muy particular, en claro contraste con las condiciones exteriores, y con ello la aparición de una vegetación propia de la flora rupícola, tales como el grupo de los helechos, representados por especies como el culantrillo (Adiantum capillus-veneris), el polipodio (Polypodium vulgare) creciendo en las paredes junto con otras especies de flora umbrófila tales como la fumaria, parietaria o geranio. Sin embargo, es la higuera (Ficus carica) la especie más visible por llegar en algunas zonas a formar bosquetes. La zarzamora, la nueza, la vid y un solitario almez también compiten en la colonización de este miniecosistema que, sin pretenderlo, nació de la destrucción hace apenas ochenta años.
El roquero solitario (Monticola solitarius) también encuentra aquí su terreno propicio, sumándose a una larga lista de aves posibles de observar según las distintas estaciones: zorzales, cogujadas, colirrojos, escribanos, collalbas, lavanderas, currucas, mosquiteros, carboneros, herrerillos, etc.
El mamífero más abundante en la zona, el conejo (Oryctolagus cuniculus), pieza clave en la cadena alimenticia de la mayoría de los depredadores del ecosistema, atrae a especies como el gato montés (Felis sylvestris). El jabalí (Sus scrofa) y el tejón (Meles meles) son los nocturnos merodeadores que dejan visibles huellas de sus correrías por los alrededores de este Monumento Natural.
Pero por sus propias peculiaridades ambientales, son los lugares más oscuros, recónditos e inaccesibles (también por ser lugares no visitables al público debido a su fragilidad ambiental), los que guardan el tan curioso como poco estudiado y difamado, pero beneficioso e inofensivo, orden de los quirópteros, representados por especies como los murciélagos de herradura grande (Rhinolophus ferrumequinum) murciélago de cueva (Miniopterus schreibersi), el ratonero mediano (Myotis blythii) y sobre todos el murciélago de herradura mediano (Rhinolophus mehelyi), especie en peligro de extinción.
Mina La Jayona
También tiene una buena representación el tritón ibérico (Triturus boscai) y la rana común (Rana ridibunda) en las zonas húmedas del fondo de la mina. Además se pueden encontrar a la ranita meridional (Hyla meridionalis) junto con varias especies de sapos entre los que se encuentra el sapo partero ibérico (Alytes cisternasffi.
También los reptiles cuentan con una nutrida presencia, tales como el lagarto ocelado (Lacerta lepida), así como varias especies de lagartijas y culebras, y otros reptiles propios de ecositema del Monte Mediterráneo.
